Zapopan cuenta con elementos históricos patrimoniales, protagonistas de una antigua tradición española que data del siglo XVI d.C. La construcción y propagación de iglesias, conventos y hospitales de las ordenes mendicantes, como la orden Franciscana, que arribó a nuestro país a petición del conquistador Hernán Cortés.
A partir del año 1530 se fundaron las provincias de San Pedro y San Pablo en la región de la Nueva Galicia, ubicada en el noreste del Valle de Atemajac, en el actual estado de Jalisco. El conquistador Nuño Beltrán de Guzmán arribó a dicho valle ese mismo año. Más adelante, Fray Antonio de Segovia evangelizó a la población del Señorío de Atemajac y sus alrededores, donando la estatua de la Santísima Virgen María a sus fieles. Se inicia entonces en 1689 la construcción de un santuario para albergar y venerar a la inmaculada Virgen de Zapopan.
Se levantaron iglesias y capillas en las localidades fundacionales dispersas, algunos de éstos pueblos indígenas conservaron sus nombres originales en idioma náhuatl, como: Tesistán, Nextipac, Zoquipán, Ixcatá y Atemajac. En algunos casos se anexaron nombres de la teología castellana como: San Esteban o una combinación de ambos, como San Francisco de Ixcatán, Santa Ana Tepetitlán, San Juan de Ocotán, entre otros.
La ruta franciscana se divide en cuatro zonas; en la zona del centro histórico, destaca el conjunto arquitectónico religioso, compuesto por la Basílica de la Virgen de Zapopan, de estilo barroco plateresco, el Convento Franciscano, con sus bellos claustros y amplio portal de peregrinos, y la capilla de la Parroquia de San Pedro, con fachada de estilo neo clásico y dos cruces atriales.
Cerca del centro histórico encontramos también la Parroquia de Nuestra Señora del Rosario en Atemajac, de planta basilical y tres naves, la iglesia de Zoquipán que conserva su cruz atrial y el templo de Nuestra Señora del Refugio en el Batan.
En la zona noreste del municipio, dentro del Área Natural Protegida Barranca del Río Santiago, se encuentra enclavado el pueblo de San Esteban, con su antiguo templo fechado en 1580, de una sola nave y sin torre campanario. Bordeando la barranca destaca el poblado y la iglesia de San Francisco de Ixcatán construida con adobe y cantera entre 1691 y 1726.
En la zona del Valle de Tesistán a unos 13 kilómetros del centro, se localiza la iglesia de San Francisco de Asís en el poblado de Tesistán, con fachada solemne y patio con arcos de medio punto. En Santiago de Nextipac has llegado al punto central del recorrido, su iglesia es muy sencilla, y en su fachada se puede apreciar una cruz empotrada en el muro, sobre la ventana del coro, tiene planta basilical y bóvedas de pañuelo.
En la zona sur del municipio, encontramos iglesias franciscanas en los poblados de San Juan de Ocotán y su Parroquia de San Juan Bautista, con fachada de hermosa elaboración arquitectónica, con bóvedas de pañuelo y con escudo real de Carlos III y una corona con la frase Ave María fechada en el año de 1789, en Santa Ana Tepetitlán se encuentra el templo de la Purísima Concepción, que aún conserva vestigios originales del hospital de Indios, único en Zapopan. Por último, el escondido poblado de Jocotán con su restaurada parroquia del Señor de la Ascensión.
